Пока остатки армии Зиона сражаются с безжалостными машинами, агент Смит выходит из-под контроля своих бывших хозяев и завоевывает мир Матрицы. Нео отправляется в город машин, встречается с "компьютерным богом" и заключает с ним соглашение. Судьбы людей и их механических противников зависят от исхода поединка Нео со Смитом.